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17.33. 在处理（Processing）中使用 R 脚本

模块由Matteo Ghetta贡献，由 Scuola Superiore Sant'Anna 资助

通过 Processing R Provider 插件，Processing 可以在 QGIS 中编写并运行 R 脚本。

Warning

R 必须已安装在您的计算机上，并且 PATH 必须正确设置。此外，Processing 仅调用外部 R 包，无法自行安装它们。因此，请确保直接在 R 中安装所需的外部包。参见用户手册中的相关章节。

Note

如果您遇到 package 问题，可能是由于缺少 Processing 所需的*必备*包，例如 sp、rgdal 和 raster。

17.33.1. 添加脚本

添加脚本很简单。最简单的方法是打开 Processing 工具箱，从工具箱顶部的 R 菜单（标有 R 图标）中选择 Create new R script...。您也可以在例如文本编辑器中创建脚本，并将其保存到您的 R 脚本文件夹（processing/rscripts）中。保存后，右键单击 Processing 工具箱中的脚本名称，然后选择 Edit Script... 即可进行编辑。

Note

如果在 Processing 中看不到 R，请在 Processing ► Options ► Providers 中激活它

它将打开一个*脚本编辑器窗口*，您必须先指定一些参数，然后才能添加脚本主体。

17.33.2. 创建图表

在本教程中，我们将创建一个矢量图层字段的**箱线图（boxplot）**。

打开 exercise_data/processing/r_intro/ 文件夹下的 r_intro.qgs QGIS 工程。

脚本参数

打开编辑器并在其开头开始编写。

您**必须**在脚本主体**之前**指定一些参数：

您希望将脚本放入的组名称（本例中为 plots）（如果该组不存在，将自动创建）：：
```
##plots=group
```
您将在 Processing 工具箱的 plots R 组中找到您的脚本。
您需要告知 Processing 您希望显示一个图表（本例中）：：
```
##showplots
```
随后您将在 Result Viewer 面板中找到指向该图表的链接（可通过 View ► Panels 和 Processing ► Results Viewer 开启或关闭该面板）。
您还需要告知 Processing 您的输入数据。在本例中，我们希望从矢量图层的一个字段创建图表：：
```
##Layer=vector
```
Processing 现在知道输入的是一个矢量。名称 Layer 并不重要，重要的是 vector 参数。
最后，您需要指定矢量图层的输入字段（使用上面提供的名称——Layer）：：
```
##X=Field Layer
```
Processing 现在知道您需要 Layer 的一个字段，并且您将它命名为 X。
您也可以使用 name 来定义脚本的名称：：
```
##My box plot script=name
```
如果未定义，将使用文件名作为脚本名称。

脚本主体

现在您已经设置好了脚本的*头部*，可以添加函数了：：

boxplot(Layer[[X]])

boxplot 是 R 函数的名称，参数 Layer 是您为输入数据集定义的名称，X 是您为该数据集字段定义的名称。

Warning

参数 X 必须用双层方括号（[[]]）括起来。

最终脚本如下所示：：

##Vector processing=group
##showplots
##Layer=vector
##X=Field Layer
boxplot(Layer[[X]])

将脚本保存在 Processing 建议的默认路径（processing/rscripts）中。如果您未在脚本头部定义 name，则您所选的文件名将成为 Processing 工具箱中的脚本名称。

Note

您可以将脚本保存在任意位置，但 Processing 将无法自动将其纳入处理工具箱，因此您必须手动上传。

现在只需点击编辑器窗口顶部的按钮即可运行它：

关闭编辑器窗口后，使用 Processing 的文本框查找您的脚本：

现在您可以在 Processing 算法窗口中填写所需的参数：

对于 Layer，选择 sample_points
对于 X 字段，选择 value

点击 Run。

Result window 应自动打开，如果没有，请点击 Processing ► Result Viewer...。

点击查看器中的链接，您将看到：

Note

您可以通过右键单击图表来打开、复制和保存图像。

17.33.3. 创建矢量

您还可以创建一个矢量图层并使其自动加载到 QGIS 中。

下面的示例取自 Random sampling grid (随机抽样网格)脚本，该脚本可以在R脚本的在线集合中找到（该在线集合中的脚本可以在https://github.com/qgis/QGIS-Processing/tree/master/rscripts中找到）。

本练习的目标是使用输入的矢量图层限制范围，通过 sp 包中的 spsample 函数创建一个随机点矢量图层。

脚本参数

与之前一样，我们需要在脚本主体之前设置一些参数：

指定您希望将脚本放入的组名，本例中为 Point pattern analysis：：
```
##Point pattern analysis=group
```
定义一个输入参数（矢量图层），用于限制随机点的放置位置：：
```
##Layer=vector
```
设置一个输入参数，用于指定将要创建的点数（Size，默认值为 10）：：
```
##Size=number 10
```
Note

由于已定义默认值（10），用户可以更改该数值，也可以将该参数留空。
指定存在一个输出矢量图层（名为 Output）：：
```
##Output=output vector
```

脚本主体

现在您可以添加函数主体：

使用 spsample 函数：：
```
pts=spsample(Layer, Size, type="random")
```
该函数使用 Layer 限制点的放置位置（若为线图层，则点必须位于图层中的某条线上；若为面图层，则点必须位于某个多边形内部）。点的数量来自 Size 参数，采样方法为 random。

生成输出（Output 参数）：：

Output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

最终脚本如下所示：：

##Point pattern analysis=group
##Layer=vector
##Size=number 10
##Output=output vector
pts=spsample(Layer, Size, type="random")
Output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

保存并点击运行按钮执行它。

在新窗口中输入正确的参数：

然后点击 run。

结果图层将添加到图层面板中，其点将显示在地图画布上：

17.33.4. R 的文本与图形输出——语法

Processing（通过 Processing R Provider 插件）使用特殊语法从 R 中获取结果：

命令前的 >``（如 ``>lillie.test(Layer[[Field]])）表示结果应发送至 R 输出（结果查看器）
图表后的 + 允许叠加绘图。例如 plot(Layer[[X]], Layer[[Y]]) + abline(h=mean(Layer[[X]]))