Konfiguration externer Anwendungen¶

Ein Hinweis für Windows Anwender¶

If you are not an advanced user and you are running QGIS on Windows, you might not be interested in reading the rest of this chapter. Make sure you install QGIS in your system using the standalone installer. That will automatically install SAGA, GRASS and OTB in your system and configure them so they can be run from QGIS. All the algorithms from these providers will be ready to be run without needing any further configuration. If installing through OSGeo4W application, make sure you select for installation SAGA, GRASS and OTB as well.

If you want to know more about how these providers work, or if you want to use some algorithms not included in the simplified toolbox (such as R scripts), keep on reading.

Eine Bemwerkung zu den Datenformaten¶

Bei Verwendung einer externen Software, bedeutet das Öffnen einer Datei in QGIS nicht, dass es auch von der anderen Software geöffnet und verarbeitet werden kann. In den meisten Fällen können sie zwar auch lesen, was Sie in QGIS geöffnet haben, aber in einigen Fällen ist das vielleicht nicht der Fall. Bei der Verwendung von Datenbanken oder seltenen Dateiformaten, ob für Raster- oder Vektorlayer, könnten Probleme auftreten. Wenn das passiert, versuchen Sie, bekannte Dateiformate, bei denen Sie sicher sind, dass sie von beiden Programmen verstanden werden, zu verwenden, und überprüfen Sie die Ausgabe (im History und Log-Dialog) für weitere Informationen.

Das Verwenden von RASS Rasterlayern ist beispielsweise ein Fall, in dem Sie vielleicht Probleme haben und nicht in der Lage sein werden Ihre Arbeit zu vervollständigen, wenn Sie einen externen Algorithmus mit einem solchen Layer als Eingabe aufrufen. Aus diesem Grund erscheinen diese Layer als nicht zur Verfügung stehend für die Algorithmen.

You should, however, find no problems at all with vector layers, since QGIS automatically converts from the original file format to one accepted by the external application before passing the layer to it. This adds extra processing time, which might be significant if the layer has a large size, so do not be surprised if it takes more time to process a layer from a DB connection than it does to process one of a similar size stored in a shapefile.

Provider, die keine externe Anwendung verwenden können jeden beliebigen Layer, den Sie in QGIS öffnen können, prozessieren, da Sie ihn für Analysen anhand von QGIS öffnen.

In Bezug auf Ausgabeformate können alle von QGIS als Ausgabe unterstützen Formate verwendet werden, für Raster- und Vektorlayer. Einige Provider unterstützen keine bestimmten Formate, aber alle können in gängige Rasterlayerformate exportieren, die später von QGIS automatisch transformiert werden können. Wie im Fall von Eingabelayern kann das, wenn eine Konvertierung benötigt wird, die Rechenzeit erhöhen.

Eine Bemerkung zu Vektorlayern mit ausgewählten Objekten¶

Externe Anwendungen können auch über die Auswahl die in Vektorlayern innerhalb von QGIS vorliegt unterrichtet werden. Das jedoch erfordert das Umschreiben aller Eingabevektorlayer, so als würden Sie ursprünglich in einem Format, das nicht von der externen Anwendung unterstützt wird, vorliegen. Nur wenn eine Auswahl besteht, oder die Use only selected features Option in den Verarbeitungsoptionen nicht aktiviert ist, kann ein Layer direkt an eine externe Anwendung übergeben werden.

In anderen Fällen wird das Exportieren von nur ausgewählten Objekten benötigt, was bewirkt, dass sich die Ausführungszeiten verlängern.

SAGA¶

SAGA Algorithmen können von QGIS aus benutzt werden wenn Sie SAGA auf Ihrem System installiert haben und Sie die Verarbeiten Umgebung richtig konfigurieren, so dass es ausführbare Module von SAGA finden kann. Insbesondere das SAGA Kommandozeilenmodul wird benötigt um SAGA Algorithmen zum Laufen zu bringen.

Wenn Sie Windows benutzen beinhalten sowohl das Installationspaket und der OSGeo4W Installer SAGA unter QGIS und er Pfad ist automatisch konfiguriert, es muss also nichts weiter getan werden.

Wenn Sie SAGA selber installiert haben muss der Pfad zu den ausführbaren Modulen konfiguriert werden. Um dies zu tun öffnen Sie den Optionen und Konfiguration Dialog. Im SAGA Block finden Sie eine Einstellung genannt SAGA Folder. Geben Sie den Pfad zu dem Ordner wo SAGA installiert ist an. Schließen Sie den Verarbeitungsoptionendialog und jetzt können Sie SAGA Algorithmen aus QGIS heraus ausführen.

Wenn Sie Linux benutzen, sind SAGA Binärpakete nicht in der Verarbeitung Umgebung enthalten, also müssen Sie die Software selber downloaden und installieren. Bitte überprüfen Sie die SAGA Webseite für mehr Informationen.

In diesem Fall braucht der Pfad zu den ausführbaren SAGA Modulen nicht konfiguriert werden und Sie werden diese Ordner nicht sehen. Anstelledessen müssen Sie sicherstellen, dass SAGA richtig installiert ist und seine Ordner zur PATH Umgebungsvariable hinzugefügt wurden. Öffnen Sie einfach eine Konsole und geben Sie saga_cmd ein um zu überprüfen, dass das System herausfindet, wo sich die SAGA Binärpakete befinden.

R. Creating R scripts¶

Die R Integration in QGIS unterscheidet sich von der SAGA Integration, da es keinen vordefinierten Satz von Algorithmen gibt, den man ausführen kann (bis auf einige Beispiele). Stattdessen sollten Sie Ihre Skripte schreiben und dann über R Befehle aufrufen, ähnlich wie man es von R kennt, und in einer sehr ähnlichen Weise zu dem, was wir sahen, im Kapitel Verarbeitung Skripte. Dieses Kapitel zeigt Ihnen die Syntax, die Sie verwenden sollten, um die R-Befehle von QGIS anzusprechen und wie QGIS Objekte verwendet werden (Layer, Tabellen).

Das erste, was Sie tun müssen, wie wir im Fall von SAGA gesehen haben, ist zu sagen, wo sich die R Binärdateien befinden. Sie können dies tun, indem Sie den R folder Eintrag im Verarbeitung Konfigurationsdialog ansprechen. Nachdem Sie die Parameter definiert haben, können Sie anfangen, eigene R-Skripte zu erstellen und auszuführen.

Dies ist wieder anders in Linux. Dort müssen Sie nur sicherstellen, dass der R-Ordner in der Umgebungsvariablen PATH enthalten ist. Wenn Sie nur die Eingabe R in eine Konsole eingeben können, kann es losgehen.

Um einen neuen Algorithmus hinzuzufügen, der eine R Funktion (oder ein komplexeres RScript, das sie entwickelt haben und das sie gerne zur in QGIS zur Verfügung stehen haben wollen) aufruft, müssen Sie eine Script Datei erstellen, die der Verarbeiten Umgebung, wie diese Operation durchgeführt wird, und die entsprechenden R Befehle mitteilt um das zu tun.

R Scripts Dateien habe die Erweiterung .rsx und es ist ziemlich einfach sie zu erstellen wenn Sie nur etwas grundlegende Kenntnisse über die R Syntax und R Scripting besitzen. Sie sollten im R Scripts Ordner gespeichert werden. Sie können diesen Ordner in der R Einstellungen Gruppe (steht im Verarbeitungsoptionen Dialog) einstellen, genauso wie Sie es mit dem Ordner für reguläre Verarbeitung Scripts machen.

Werfen Sie einen Blick auf eine sehr einfache Scripts-Datei, die die R-Methode spsample aufruft und ein zufälliges Gitter innerhalb der Grenzen eines Polygon in einem bestimmten Polygon-Layer erstellt. Diese Methode gehört zum Paket zur MapTools. Grundsätzlich brauchen Sie für R-Algorithmen, die Sie in Verarbeitung für räumliche geostatistische Analysen nutzen wollen, zumindest Kenntnisse der Pakete wie MapTools und speziell sp.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

Die ersten Zeilen, die mit einem doppelten Python Kommentarzeichen (##) beginnen teilen QGIS die Eingaben des Algorithmus, der in der Datei beschrieben wird und die Ausgaben, die er erzeugen wird, mit. Sie arbeiten mit genau der gleichen Syntax wie den Verarbeitung Scripts, die wir bereits gesehen haben, also werden Sie hier nicht noch einmal beschrieben.

Please have a look at the R Intro and the R Syntax Training Manual Chapters to have more information on how to write your own R scripts-

Wenn Sie einen Eingabeparameter definieren, verwendet QGIS diese Informationen für zwei Dinge: Erstellung der Benutzeroberfläche, um die Benutzer nach Eingaben von Parameters zu fragen und die Schaffung einer entsprechenden R Variable, die später als Eingabe für die R-Befehle verwendet werden.

In dem obigen Beispiel erklären wir die Eingabe vom Typ Vektor mit dem Namen polyg. Bei der Ausführung des Algorithmus wird durch QGIS R geöffnet und der Layer, der durch den Benutzer ausgewählt wurde, in einer Variablen polyg abgelegt. Der Name des Parameters ist also auch der Name der Variablen, die wir in R für den Zugriff auf den Wert des Parameters nutzen (vermeiden Sie, reservierte R Begriffe als Parameter zu verwenden).

Räumliche Elemente wie Vektor- und Rasterlayer werden mit den readOGR() und brick() Befehlen eingelesen (sie brauchen sich nicht darum kümmern diese Befehle Ihrer Beschreibungsdatei hinzuzufügen - das macht QGIS) und sie werden als Spatial*DataFrame Objekte gespeichert. Tabellenfelder werden als Strings, die den Namen des ausgewählten Feldes beinhalten, gespeichert.

Tabellen werden anhand des read.csv() Befehls geöffnet. Wenn ein Anwender eine Tabelle eingibt, die nicht im CSV Format ist, wird diese vor dem Importieren in R konvertiert.

Zusätzlich können Rasterdateien mit Hilfe des readGDAL() Befehls anstelle von brick() eingelesen werden indem ##usereadgdal benutzt wird.

Wenn Sie ein fortgeschrittener Anwender sind und nicht wollen, dass QGIS ein Objekt, das den Layer repräsentiert, erstellt, können Sie den ##passfilename Tag benutzen um anzuzeigen, dass Sie anstelledessen einen String mit dem Dateinamen bevorzugen. In diesem Fall ist es an Ihnen, die Datei vor dem Durchführen von Operationen mit Daten, die es beinhaltet, zu öffnen.

Mit den oben genannten Informationen können wir jetzt die erste Zeile unseres ersten Beispiel Scripts verstehen (dabei startet die erste Zeile nicht mit einem Python Kommentar).

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

Die Variable Polygon enthält bereits ein SpatialPolygonsDataFrame Objekt, damit kann es verwendet werden, um das spsample Verfahren aufzurufen, ebenso wie die NumPoints, die die Anzahl der Punkte zeigt, die zum Gitter hinzugefügt werden sollen.

Da wir eine Ausgabe vom Typ Vektor definiert haben mit dem Namen``out``, müssen wir nun eine Variable namens out erstellen und Spatial*DATAframe Objekt dafür erstellen (in diesem Fall ein SpatialPointsDataFrame). Sie können einen beliebigen Namen für Ihre Zwischenvariablen verwenden. Stellen Sie nur sicher, dass die Variable Ihres Endergebnisses den gleichen Namen hat, den Sie zuvor definiert haben und dass sie einen geeigneten Wert enthält.

In diesem Fall muss das von der spsample Methode erhaltene Ergebnis ausdrücklich in ein SpatialPointsDataFrame Objekt konvertiert werden, da es ein Objekt der Klasse ppp ist, welches keine geeignete Klasse ist um an QGIS zurückgegeben zu werden.

If your algorithm generates raster layers, the way they are saved will depend on whether or not you have used the ##dontuserasterpackage option. If you have used it, layers are saved using the writeGDAL() method. If not, the writeRaster() method from the raster package will be used.

If you have used the ##passfilenames option, outputs are generated using the raster package (with writeRaster()), even though it is not used for the inputs.

Wenn Ihr Algorithmus keinen Layer erzeugt sondern stattdessen ein Textergebnis in der Konsole, müssen Sie angeben, dass die Konsole gezeigt wird, nachdem die Ausführung beendet ist. Um das zu tun starten Sie die Kommandozeilen, die die Ergebnisse produzieren, die Sie mit dem > (größer) Zeichen drucken wollen. Die Ausgabe aller anderen Zeilen wird nicht gezeigt. Zum Beispiel ist hier die Beschreibungsdatei eines Algorithmus, der einen Test auf Normalverteilung mit einem vorhandenen Feld (Spalte) eines Vektorlayerattributes durchführt:

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

Die Ausgabe der letzten Zeile wird gedruckt, die Ausgabe der ersten aber nicht (und auch nicht die Ausgaben von anderen Kommandozeilen, die automatisch von QGIS hinzugefügt werden).

Wenn Ihr Algorithmus eine Grafiken erstellt (mit der plot()-Methode), fügen Sie die folgende Zeile ein:

##showplots

Dies bewirkt, dass QGIS alle grafischen Ausgaben von R in eine temporäre Datei, die geöffnet wird nachdem die Ausführung von R beendet wurde, umleitet.

Sowohl grafische als auch Konsolenergebnisse werden im Verarbeitung Ergebnisanzeige gezeigt.

Für weitere Informationen schauen Sie sich bitte die Skript-Dateien an, die Verarbeitung bereits enthält. Die meisten von ihnen sind ziemlich einfach und werden wesentlich dazu beitragen, wie Sie Ihre eigenen erstellen.

GRASS¶

Configuring GRASS is not much different from configuring SAGA. First, the path to the GRASS folder has to be defined, but only if you are running Windows. Additionally, a shell interpreter (usually msys.exe, which can be found in most GRASS for Windows distributions) has to be defined and its path set up as well.

By default, the processing framework tries to configure its GRASS connector to use the GRASS distribution that ships along with QGIS. This should work without problems in most systems, but if you experience problems, you might have to configure the GRASS connector manually. Also, if you want to use a different GRASS installation, you can change that setting and point to the folder where the other version is installed. GRASS 6.4 is needed for algorithms to work correctly.

Wenn Sie Linux verwenden, müssen Sie nur noch sicherstellen, dass GRASS richtig installiert ist, und dass es problemlos von einer Konsole ausgeführt werden kann.

GRASS Algorithmen verwenden eine Region für die Berechnungen. Diese Region kann manuell definiert werden unter Verwendung von Werten ähnlich denen, die in der SAGA Konfiguration stehen oder automatisch, wobei die minimale Ausdehnung aller Eingangslayer verwendet werden, wenn der Algorithmus ausgeführt wird. Wenn dies das Verhalten ist, das Sie bevorzugen, können Sie es über die Option Verwende min abdecken Region in den GRASS Konfigurationsparametern definieren.

GDAL¶

No additional configuration is needed to run GDAL algorithms. Since they are already incorporated into QGIS, the algorithms can infer their configuration from it.

Orfeo Toolbox¶

Orfeo Toolbox (OTB) algorithms can be run from QGIS if you have OTB installed in your system and you have configured QGIS properly, so it can find all necessary files (command-line tools and libraries).

As in the case of SAGA, OTB binaries are included in the stand-alone installer for Windows, but they are not included if you are running Linux, so you have to download and install the software yourself. Please check the OTB website for more information.

Once OTB is installed, start QGIS, open the processing configuration dialog and configure the OTB algorithm provider. In the Orfeo Toolbox (image analysis) block, you will find all settings related to OTB. First, ensure that algorithms are enabled.

Then, configure the path to the folder where OTB command-line tools and libraries are installed:

• Usually OTB applications folder points to /usr/lib/otb/applications and OTB command line tools folder is /usr/bin.
• If you use any of the installers that include OTB, such as OSGeo4W, there is no need for further configuration. Processing will detect the path automatically and will not show the corresponding configuration entries. Otherwise, fill the OTB applications folder and OTB command line tools folder parameters with the to the corresponding values for your installation.

TauDEM¶

TauDEM (Terrain Analysis Using Digital Elevation Models) is a tools for the extraction and analysis of hydrological information from Digital Elevation Models (DEM). TauDEM can be used from QGIS if you have it installed in your system and configured QGIS properly, so it can find all necessary files.

There are two versions of TauDEM tools: singlefile (TauDEM 5.0.6 or 5.1.2) and multifile (TauDEM 5.2.0). The difference between these versions in the supported inputs/outputs. Single files version accepts only single raster file and write single file as output. Multifile version accepts a directory with rasters and writes directory with rasters as output. Such directory should contain rasters that will be treated as a single DEM grid.

TauDEM Processing provider supports both single- and multifile versions of TauDEM and even allows to use them simultaneously.

mkdir build
cd build

CXX=mpicxx cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..
make

sudo make install

#include "mpi.h"

#include <stdint.h>

#include "mpi.h"
#include <stdint.h>

#include <stdint.h>