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Extension eVis

(Cette section est issue de l’ouvrage Horning, N., K. Koy, P. Ersts. 2009. eVis (v1.1.0) User’s Guide. American Museum of Natural History, Center for Biodiversity and Conservation. Disponible sur http://biodiversityinformatics.amnh.org/ et sortie sous licence GNU FDL.)

The Biodiversity Informatics Facility at the American Museum of Natural History’s (AMNH) Center for Biodiversity and Conservation (CBC) has developed the Event Visualization Tool (eVis), another software tool to add to the suite of conservation monitoring and decision support tools for guiding protected area and landscape planning. This plugin enables users to easily link geocoded (i.e., referenced with latitude and longitude or X and Y coordinates) photographs, and other supporting documents, to vector data in QGIS.

eVis is now automatically installed and enabled in new versions of QGIS, and as with all plugins, it can be disabled and enabled using the Plugin Manager (see La fenêtre des Extensions).

L’extension consiste en 3 modules : l’outil de ‘Connexion à une base de données’, l’outil ‘ID d’évènements’ et le ‘Navigateur d’évènement’. Ils fonctionnent ensemble pour permettre l’affichage de documents géoéréfrencés qui sont liés à des entités enregistrées dans des fichiers vectoriels, des bases de données ou des feuilles de tableur.

Navigateur d’évènement

The Event Browser module provides the functionality to display geocoded photographs that are linked to vector features displayed in the QGIS map window. Point data, for example, can be from a vector file that can be input using QGIS or it can be from the result of a database query. The vector feature must have attribute information associated with it to describe the location and name of the file containing the photograph and, optionally, the compass direction the camera was pointed when the image was acquired. Your vector layer must be loaded into QGIS before running the Event Browser.

Afficher le navigateur d’évènement

Pour lancer le Navigateur d’évènement , cliquez sur le menu Base de données > eVis > Navigateur d’évènements eVis. Ceci ouvrira la fenêtre du Navigateur d’évènements.

La fenêtre de navigateur affiche 3 onglets dans sa partie supérieure. L’onglet Affichage est utilisé pour voir la photographie et les données attributaires correspondantes. L’onglet des options fournit une série de paramètres qui peuvent être ajustés pour contrôler le comportement de l’extension eVis. Enfin, l’onglet de configurer les applications externes contient une table des extensions de fichiers et des applications qui leur sont associées pour permettre à eVis d’afficher des documents autre qu’une image.

La fenêtre Affichage

Pour voir la fenêtre Affichage, cliquez sur l’onglet Affichage du navigateur d’évènement. Cette fenêtre est utilisée pour visualiser les photographies et leurs données attributaires.

Figure eVis 1:

../../../_images/evisdisplay.png

La fenêtre Affichage d’eVIS

  1. Zone d’affichage : emplacement où s’affichera l’image.

  2. Bouton Zoom + : Zoomez pour voir plus de détails. Si l’image ne peut être affichée entièrement dans la fenêtre, des barres de défilement apparaîtront sur les bords gauches et inférieures pour que vous puissiez bouger l’image.

  3. Bouton Zoom - : Zoomez en arrière pour avoir une vue d’ensemble.

  4. Bouton Zoomer sur l’emprise : Affiche l’emprise maximale de la photographie.

  5. Zone d’informations : Toutes les informations attributaires pour le point associé à la photographie sélectionnée sont affichées ici. Si le type de fichier référencé n’est pas une image, mais d’un type renseigné dans l’onglet configurer les applications externes (il sera alors affiché en vert), un double clic lancera l’application désignée.

  6. Boutons de navigation : Utilisez les boutons [Suivant] et [Précédent] pour charger une autre entité lorsque plusieurs sont sélectionnées.

La fenêtre Options

Figure eVis 2:

../../../_images/evisoptions.png

La fenêtre Options d’eVis

  1. Chemin du fichier : Une liste déroulante permet de spécifier quel est l’attribut contenant le chemin d’accès vers le document devant être affiché. Si l’emplacement est un chemin relatif alors la case située juste en dessous doit être cochée. Le chemin de base peut être saisi dans la zone de texte. Les informations à propos des différentes options pour indiquer le chemin sont expliquées dans la section Spécifier un emplacement et le nom d’une photographie, ci-dessous.

  2. Orientation de la boussole : Une liste déroulante pour définir le champ d’attribut qui contient l’orientation de la boussole associé à la photo affichée. Si des informations d’orientation de la boussole est disponible, il est nécessaire de cocher la case dessous le titre de menu déroulant.

  3. Compass offset: Compass offsets can be used to compensate for declination (to adjust bearings collected using magnetic bearings to true north bearings). Click the radiobuttonon Manual radio button to enter the offset in the text box or click the radiobuttonon From Attribute radio button to select the attribute field containing the offsets. For both of these options, east declinations should be entered using positive values, and west declinations should use negative values.
  4. Chemin de base : C’est le chemin à partir duquel le chemin relatif (A) définit dans la figure Figure_eVis_2 sera établi.

  5. Remplacer le chemin : Si cette case est cochée alors seul le nom du fichier sera ajouté au chemin de base.

  6. Appliquer la règle à tous les documents : Si cochée, la règle définie pour les photographies sera utilisée pour les autres documents tels que les fichiers textes, les vidéos et les fichiers audio. Dans le cas contraire, les règles s’appliqueront seulement aux photographies.

  7. Se souvenir de : Si cette case est cochée, les valeurs des paramètres correspondants seront enregistrées pour la prochaine session au moment de la fermeture de la fenêtre ou quand le bouton [Enregistrer] est cliqué.

  8. Réinitialiser : Remet les valeurs par défaut pour ce paramètre.

  9. Restaurer les valeurs par défaut : Réinitialise tous les paramètres à leur valeur par défaut. Il équivaut à cliquer sur tous les boutons [Réinitialiser].

  10. Enregistrer : Ceci enregistrera les valeurs sans fermer l’onglet des options.

La fenêtre Configurer les applications externes

Figure eVis 3:

../../../_images/evisexternal.png

La fenêtre Configuration des applications externes d’eVis

  1. Tableau des références : Une table contient tous les types de fichiers qui peuvent être ouverts par eVis. Chaque type de fichier doit avoir une extension qui lui est propre et un chemin vers une application pour l’ouvrir. Ce la permet d’utiliser un large éventail de documents autre que des images.

  2. Ajouter un nouveau type de fichier : Ajoute un nouveau type de fichier avec son extension et une application dédiée.

  3. Effacer la cellule courante : Effacer le type de fichier sélectionné dans la table.

Spécifier un emplacement et le nom d’une photographie

Le nom et l’emplacement d’une photographie peuvent être enregistrés avec un chemin absolu ou relatif ou une URL si l’image se trouve sur un serveur Internet. Des exemples de ces différentes approches sont listés dans la table evis_examples.

X        Y        FILE                                                BEARING
780596   1784017  C:\Workshop\eVis_Data\groundphotos\DSC_0168.JPG     275
780596   1784017  /groundphotos/DSC_0169.JPG                          80
780819   1784015  http://biodiversityinformatics.amnh.org/\
                  evis_testdata/DSC_0170.JPG                          10
780596   1784017  pdf:http://www.testsite.com/attachments.php?\
                  attachment_id-12                                    76

Spécifier l’emplacement et le nom d’un document autre qu’une image

Les documents texte, vidéos ou audio peuvent aussi être affichés par eVis. Pour ce faire, il est nécessaire d’ajouter une entrée dans la table des références fichiers qui pourra être utilisé par l’une des applications externes définies. Il est aussi nécessaire d’avoir le chemin vers le fichier dans la table attributaire de la couche vectorielle. Une possibilité supplémentaire est de spécifier l’extension du fichier avant le chemin (par exemple avi:/chemin/du/fichier), ce qui est très utile pour accéder à des documents placés sur des sites ou des wikis utilisant une base de données pour la gestion de leurs pages (voir la table evis_examples).

Utiliser le Navigateur d’évènements

Quand la fenêtre du Navigateur d’évènements s’ouvre, une photographie apparaîtra dans l’onglet d’affichage si le document référencé dans la table attributaire du fichier vectoriel est une image et que les paramètres d’emplacement sont correctement renseignés. Si la photographie voulue n’apparaît pas, c’est qu’il vous est nécessaire d’ajuster les paramètres de l’onglet des options.

Si un format de document géré (ou une image n’ayant pas d’extension reconnue par eVis) est référencé dans la table attributaire, le champ contenant le chemin vers le fichier sera surligné en vert dans la liste des références fichiers si cette extension a été définie dans la table de configuration des applications externes. Pour l’ouvrir, faites un double-clic sur la ligne en vert. Si un document est référencé, mais non surligné en vert, il est nécessaire d’ajouter une entrée pour son extension. Si le chemin est bien surligné en vert, mais qu’un double-clic reste sans effet, il faudra alors vérifier que l’application associée à l’extension est bien renseignée dans l’onglet Options.

Si aucune indication de boussole n’est fournie dans les options, un astérisque rouge sera affiché au-dessus de l’entité vectorielle concernée par l’image affichée. Si cette indication est disponible alors une flèche pointant la direction de l’objectif apparaîtra. La flèche sera centrée sur le point associé à la photographie ou au document.

Pour fermer le Navigateur, cliquez sur le bouton [Fermer] de l’onglet d’Affichage.

Outil ID évènement

The ‘Event ID’ module allows you to display a photograph by clicking on a feature displayed in the QGIS map window. The vector feature must have attribute information associated with it to describe the location and name of the file containing the photograph and, optionally, the compass direction the camera was pointed when the image was acquired. This layer must be loaded into QGIS before running the ‘Event ID’ tool.

Lancement du module Id évènement

To launch the ‘Event ID’ module, either click on the event_id Event ID icon or click on Database ‣ eVis ‣ Event ID Tool. This will cause the cursor to change to an arrow with an ‘i’ on top of it signifying that the ID tool is active.

To view the photographs linked to vector features in the active vector layer displayed in the QGIS map window, move the Event ID cursor over the feature and then click the mouse. After clicking on the feature, the Event Browser window is opened and the photographs on or near the clicked locality are available for display in the browser. If more than one photograph is available, you can cycle through the different features using the [Previous] and [Next] buttons. The other controls are described in the ref:evis_browser section of this guide.

Connexion à une base de données

Cet outil permet de se connecter et d’interroger une base de données ou une ressource ODBC telle qu’un tableur.

eVis peut se connecter directement à ces types de bases de données : PostgreSQL, MySQL et SQLite et peut utiliser des connexions ODBC (par exemple Access). Pour des connexions ODBC (par exemple un fichier Excel), il est nécessaire de configurer votre driver ODBC en fonction de votre système d’exploitation.

L’outil de connexion à une base de données

To launch the ‘Database Connection’ module, either click on the appropriate icon evis_connect eVis Database Connection or click on Database ‣ eVis ‣ Database Connection. This will launch the Database Connection window. The window has three tabs: Predefined Queries, Database Connection, and SQL Query. The Output Console window at the bottom of the window displays the status of actions initiated by the different sections of this module.

Se connecter à une base

Click on the Database Connection tab to open the database connection interface. Next, use the Database Type selectstring combo box to select the type of database that you want to connect to. If a password or username is required, that information can be entered in the Username and Password textboxes.

Entrez le nom de l’hôte de la base de données dans la zone de texte Hôte de la base de données. Cette option n’est pas disponible si vous avez sélectionné ‘MS Access’ comme type de base de données. Si la base de données est localisée sur votre ordinateur, vous pouvez entrer “localhost”.

Renseignez le nom de la base de données dans la zone de texte Nom de la base de données. Si vous avez sélectionné ‘ODBC’ comme type de base de données, il vous faudra entrer le nom de la source de données.

Quand tous les paramètres sont corrects, cliquez sur le bouton [Connecter]. Si la connexion est réussie, un message sera affiché dans la console de sortie. En cas d’échec, il vous faudra vérifier les paramètres.

Figure eVis 4:

../../../_images/evisdatabase.png

La fenêtre Connexion à une base de données d’eVIS

  1. Type de base de données : Une liste déroulante pour spécifier le type de base de données qui sera utilisée.

  2. Hôte de la base de données : le nom de l’hôte de la base.

  3. Port : Le numéro du port dans le cas d’une base de données MySQL ou PostGreSQL.

  4. Nom de la base de données : Le nom de la base de données.

  5. Connecter : Ce bouton établit la connexion avec les paramètres définis ci-dessus.

  6. Console de sortie : Console où sont affichés les messages relatifs au déroulement des processus.

  7. Nom d’utilisateur : Nécessaire quand la base est protégée en accès.

  8. **Mot de passe **: Nécessaire quand la base est protégée en accès.

  9. Requêtes Prédéfinies : Onglet ouvrant la fenêtre de Requêtes Prédéfinies.

  10. Connexion à une base de données : Onglet ouvrant la fenêtre de Connexion à une base de données.

  11. Requête SQL : Onglet ouvrant la fenêtre de Requête SQL.

  12. Aide : Affiche l’aide en ligne.

  13. OK : Ferme la fenêtre principale.

Faire une requête SQL

SQL queries are used to extract information from a database or ODBC resource. In eVis, the output from these queries is a vector layer added to the QGIS map window. Click on the SQL Query tab to display the SQL query interface. SQL commands can be entered in this text window. A helpful tutorial on SQL commands is available at http://www.w3schools.com/sql. For example, to extract all of the data from a worksheet in an Excel file, select * from [sheet1$] where sheet1 is the name of the worksheet.

Cliquez sur le bouton [Exécuter la requête] pour exécuter la commande. Si la requête est fructueuse, une fenêtre de sélection sera affichée. Dans le cas contraire, un message d’erreur apparaîtra dans la console de sortie.

Dans cette nouvelle fenêtre, entrez le nom de la couche qui sera créée à partir des résultats dans la zone de texte Nom de la Nouvelle Couche.

Figure eVis 5:

../../../_images/evissql_query.png

L’onglet Requête SQL d’eVis

  1. Zone de texte de requête SQL : Une zone poursaisir vos requêtes.

  2. Exécuter la requête : Ce bouton exécute la requête écrite.

  3. Console : Console où sont affichés les messages relatifs au déroulement de la connexion.

  4. Aide : Affiche l’aide en ligne.

  5. OK : Ferme la fenêtre Connexion à une base de données.

Use the X Coordinate selectstring and Y Coordinate selectstring combo boxes to select the fields from the database that stores the X (or longitude) and Y (or latitude) coordinates. Clicking on the [OK] button causes the vector layer created from the SQL query to be displayed in the QGIS map window.

To save this vector file for future use, you can use the QGIS ‘Save as...’ command that is accessed by right-clicking on the layer name in the QGIS map legend and then selecting ‘Save as...’

Astuce

Créer une couche vectorielle depuis un fichier Microsoft Excel

When creating a vector layer from a Microsoft Excel Worksheet, you might see that unwanted zeros (“0”) have been inserted in the attribute table rows beneath valid data. This can be caused by deleting the values for these cells in Excel using the Backspace key. To correct this problem, you need to open the Excel file (you’ll need to close QGIS if you are connected to the file, to allow you to edit the file) and then use Edit ‣ Delete to remove the blank rows from the file. To avoid this problem, you can simply delete several rows in the Excel Worksheet using Edit ‣ Delete before saving the file.

Exécuter des requête prédéfinies

Avec les requêtes prédéfinies, vous pouvez sélectionner des requêtes déjà écrites et stockées au format XML. Cela peut être utile si vous n’êtes pas familier avec les commandes SQL. Cliquez sur l’onglet Requêtes prédéfinies pour afficher l’interface.

To load a set of predefined queries, click on the evis_file Open File icon. This opens the Open File window, which is used to locate the file containing the SQL queries. When the queries are loaded, their titles as defined in the XML file will appear in the drop-down menu located just below the evis_file Open File icon. The full description of the query is displayed in the text window under the drop-down menu.

Sélectionnez la requête que vous voulez exécuter depuis la liste déroulante et ensuite cliquez sur l’onglet de requête SQL pour observer la requête qui vient d’être chargée. Si c’est la première fois que vous exécutez une requête prédéfinie ou que vous changez de base de travail, vous devrez vous connecter à la base de données.

Cliquez sur le bouton [Exécuter la requête] dans l’onglet Requête SQL pour lancer la commande. Si la requête est fructueuse, une fenêtre de sélection sera affichée. Dans le cas contraire, un message d’erreur apparaîtra dans la console de sortie.

Figure eVis 6:

../../../_images/evispredefined.png

L’onglet Requêtes prédéfinies d’eVis

  1. Ouvrir le fichier: lance l’explorateur de fichier “ouvrir le fichier” afin de charger le fichier XML contenant les requêtes prédéfinies.

  2. Requêtes prédéfinies : Une liste déroulante affichant toutes les requêtes prédéfinies dans le fichier XML.

  3. Description de la requête : Une courte description de la requête.

  4. Console : Console où sont affichés les messages relatifs au déroulement de la connexion.

  5. Aide : Affiche l’aide en ligne.

  6. OK : Ferme la fenêtre principale.

Le format XML pour les requêtes d’eVis

Les balises XML reconnues par eVis

Balise

Description
query

Définit le début et la fin d’une requête.

shortdescription

Une courte description qui apparaît dans le menu déroulant.

description

Une description plus détaillée.

databasetype

Le type de base de données, défini dans la liste déroulante de l’onglet de connexion.

databaseport

Le port tel que défini dans la liste déroulante de l’onglet de connexion.

databasename

Le nom de la base de données tel que défini dans la liste déroulante de l’onglet de connexion.

databaseusername

Le nom d’utilisateur tel que défini dans la liste déroulante de l’onglet de connexion.

databasepassword

Le mot de passe tel que défini dans la liste déroulante de l’onglet de connexion.

sqlstatement

La commande SQL.

autoconnect

Un interrupteur (“vrai” or “faux”) pour spécifier si les balises précédentes doivent être utilisées pour se connecter automatiquement à une base de données sans passer par les routines de connexion de l’onglet.

Voici un exemple complet avec 3 requêtes:

<?xml version="1.0"?>
<doc>
 <query>
   <shortdescription>Import all photograph points</shortdescription>
   <description>This command will import all of the data in the SQLite database to QGIS
      </description>
   <databasetype>SQLITE</databasetype>
   <databasehost />
   <databaseport />
   <databasename>C:\textbackslash Workshop/textbackslash
eVis\_Data\textbackslash PhotoPoints.db</databasename>
   <databaseusername />
   <databasepassword />
   <sqlstatement>SELECT Attributes.*, Points.x, Points.y FROM Attributes LEFT JOIN
      Points ON Points.rec_id=Attributes.point_ID</sqlstatement>
   <autoconnect>false</autoconnect>
 </query>
  <query>
   <shortdescription>Import photograph points "looking across Valley"</shortdescription>
   <description>This command will import only points that have photographs "looking across
      a valley" to QGIS</description>
   <databasetype>SQLITE</databasetype>
   <databasehost />
   <databaseport />
   <databasename>C:\Workshop\eVis_Data\PhotoPoints.db</databasename>
   <databaseusername />
   <databasepassword />
   <sqlstatement>SELECT Attributes.*, Points.x, Points.y FROM Attributes LEFT JOIN
      Points ON Points.rec_id=Attributes.point_ID where COMMENTS='Looking across
      valley'</sqlstatement>
   <autoconnect>false</autoconnect>
 </query>
 <query>
   <shortdescription>Import photograph points that mention "limestone"</shortdescription>
   <description>This command will import only points that have photographs that mention
      "limestone" to QGIS</description>
   <databasetype>SQLITE</databasetype>
   <databasehost />
   <databaseport />
   <databasename>C:\Workshop\eVis_Data\PhotoPoints.db</databasename>
   <databaseusername />
   <databasepassword />
   <sqlstatement>SELECT Attributes.*, Points.x, Points.y FROM Attributes LEFT JOIN
      Points ON Points.rec_id=Attributes.point_ID where COMMENTS like '%limestone%'
      </sqlstatement>
   <autoconnect>false</autoconnect>
 </query>
</doc>